Windows mémorise ses icônes dans un cache (ShellIconCache) afin de les afficher plus rapidement (n'ayant pas à les chercher sur le disque dur).
Ce cache est limitée par défaut à 512 icônes. Et après, ben, Windows détruit le cache et le reconstruit entièrement pour le réactualiser.
Il en découle que l'affichage de votre bureau est ralenti.